Die Integration von SEPA innerhalb der BüroWARE/WEBWARE ist flexibel gelöst. Der wesentliche Teil der Neuerungen/Änderungen im Bezug auf SEPA betrifft den Zahlungseingang. Sowohl in der Warenwirtschaft als auch in der Finanzbuchhaltung ist die Implementation so ausgelegt, dass diese auch sehr gut individuell beeinflusst und somit angepasst werden kann.